Fin du XXXe siècle, la guerre entre les Humanoïdes (aussi appelé Mécanoïdes) et l'Union Terrestre prend fin. Les humains doivent capituler face aux Humanoïdes. Afin de satisfaire les vainqueurs, l'Union Terrestre engage le commandant Warrius Zero pour chasser les pirates qui continuent le combat contre les Humanoïdes. Le plus célèbre de ces pirates est le Corsaire de l'espace, Albator. Zero prend le commandement du Karyu, l'un des derniers vaisseaux de la flotte de l'Union Terrestre à ne pas avoir été détruit durant la grande Guerre ; il fut remis à neuf et a même vu son système d'armement se moderniser. Ainsi Zéro et son équipage décolèrent afin d'en finir avec Albator.