L'histoire se déroule a Tokiwadai. Nous suivons Shirai Kuroko et Hokaze Junko, bras droit de Shokuhou Misaki, qui vont devoir s'allier pour résoudre un mystère qui a lieu directement a leur école : l'existence d'une étrange "fille fantôme".

Yamato dirige une agence de détective formée d’anciens hommes d’action. Ils utilisent leurs capacités hors du commun pour déjouer les trafics et réussir leurs missions. Yamato et ses trois employés ont tissés des liens qui dépassent les relations professionnelles : des histoires d’amitié et d’amour sont le quotidien de l’équipe. Au fur et à mesure des missions, on en apprend un peu plus sur eux et ce qui les a conduit à appartenir à ce groupe.