L’histoire est centrée autour de Shogo Mikadono, le fils d’un magnat de l’industrie qui vient de décéder. En tant que dernier souhait, le père de Shogo lui a donné une condition avant qu’il puisse hériter du patrimoine familial : Trouver une petite amie à l’école. Shogo retourne immédiatement dans une école afin de remplir cette condition. C’est alors qu’il apprend qu’il a une petite soeur dont il a été séparé à la naissance. Seul indice en sa possession : elle serait étudiante dans sa nouvelle école…

13ième épisode de Kono Naka ni Hitori, Imouto ga Iru ! non diffusé à la télévision.