Link vit avec son grand-père forgeron aux alentours de la Citadelle d'Hyrule. Il espère participer au tournoi de chevalerie qui a lieu chaque année lors du festival Minish, en l'honneur d'un peuple miniature qui vient en aide aux humains. Malheureusement, son niveau n'est pas assez élevé pour participer, et il se rend au festival en compagnie de la Princesse Zelda sans pouvoir participer au concours. Mais durant la fête, le gagnant du tournoi, un sorcier nommé Vaati, libère les démons d'Hyrule et transforme la Princesse Zelda en pierre, brisant l'épée Minish, une arme ancestrale offerte jadis par ce peuple adjuvant. Link s'empare donc des restes de l'épée et part en quête des Minishs, pensant que seuls eux pourront l'aider à défaire la Princesse du sortilège. En chemin, il rencontre alors un être étrange, qui dit se nommer Exelo, et ressemblant à s'y méprendre à un chapeau...