Une force étrangère appelée le "Neuroi" attaque la Terre autour des années 1940, le monde est dévasté par la destruction. Un seul homme est capable de mener l'invention d'une arme anti-Neuroi connue sous le nom de "Striker unit" qui augmente la puissance magique et permet également de voler. Après un entrainement, les jeunes sorcières ou Strike Witches du monde entier se rassemblent pour riposter face à la menace.

La fille de l'inventeur qui est à priori mort, possède un incroyable pouvoir magique qu'elle espère pouvoir utiliser un jour en s'entraînant. Elle est soudain emmenée sur une opération de recherche pour voir si son père est en fait vivant. Elle découvre son invention et la possibilité de l'essayer elle-même.