En 2095, la magie est devenue une technologie courante tout comme les pouvoirs qu'elle procure. Tatsuya et Miyuki sont deux frère et sœur bien différents. L'aîné n'est pas très doué alors que Miyuki, sa petite sœur, semble n'avoir aucun défaut. Ensemble, ils décident de s'inscrire dans une école de magie renommée. Leurs journées paisibles vont prendre des allures chaotiques…

En 2095, Tatsuya Shiba et sa sœur Miyuki Shiba sont de nouveaux étudiants inscrits au Premier lycée de magie affilié à l'Université privée de magie. Les élèves sont classés en fonction de leurs résultats aux tests: les élèves ayant les meilleures notes sont désignés "Bloom" et inscrits dans le programme du cours 1, tandis que ceux avec des scores pauvres sont désignés "Weed" et inscrits dans le cours 2.Miyuki ayant réussi est placée dans le cours 1 et est choisie pour être la représentante des premières années, tandis que Tatsuya est placé dans cours 2 en raison de son faible score au test pratique, malgré marquant le plus élevé dans la partie écrite de l'épreuve.

Il s'agit du deuxième arc de la série Mahouka Koukou no Rettousei. Quelques mois après les événements d'avril, la compétition des neufs lycées est sur le point de commencer. Elle est officiellement appelée "compétition nationale des jeux de magie de lycée". Il s'agit de la compétition la plus importante du Japon où chaque année l'élite des lycéens se réunit et s'affronte pendant 10 jours grâce aux 6 épreuves afin de défendre l'honneur de leur lycée. 40 membres de chaque école sont sélectionnés avant de se rendre près du mont Fuji pour la compétition.

Il s'agit du quatrième arc de la série Mahouka Koukou no Rettosei. Cet arc raconte l'enfance douloureuse et les souvenirs de Tatsuya et Miyuki Shiba, de l'union des Yotsuba et des Shiba. L'histoire raconte un événement important de la jeunesse des jumelles Yotsuba. Lors d'un voyage scolaire à Taipei, Maya est kidnappée et de violentes horreurs lui sont infligées. Koichi Saegusa, son fiancé, a perdu un oeil, tout en essayant de protéger Maya. Après avoir été secouru, Yotsuba Genzou ordonne à Miya d'utiliser sa magie unique sur Maya pour séparer les émotions des souvenirs des atrocités qu'elle avait subies afin de ne pas la détruire.

L'histoire adapte le tome 12 du light novel. Alors qu'ils entrent dans leur seconde année, Tatsuya et Miyuki désirent une vie scolaire sans encombres. Cependant, lorsque de nouveaux "Nombres" apparaissent au Premier Lycée, leurs vies seront-elles une fois encore en danger... ?

Il s'agit d'une série de spin-off de la série originelle Mahouka Koukou no Rettosei où c'est du point de vue de Miyuki Shiba, la petite soeur du héros original de la série, Tatsuya Shiba qui est mis en avant. Cette histoire se concentre donc sur le point de vue et les expériences des événements qui se déroulent dans l'histoire principale. Elle commence par l'arrivée de Miyuki et de Tatsuya au premier lycée de magie à Tokyo lors de la cérémonie de bienvenue des premières années.