L'histoire se déroulera sur un siècle et trois générations de pilotes Gundam. En l'an A.G. (Advanced Generation) 101 -plusieurs centaines d'années après que les humains aient migré vers les colonies de l'espace- un ennemi inconnu (UE) attaque tout à coup la colonie de l'espace Angel et la détruit. Le malheur et les pertes énormes en vies humaines sont devenues connues plus tard comme "Le jour où l'ange tomba du ciel". Sept ans plus tard, la guerre contre l'UE arrive à la colonie autrefois paisible où vit Flit Asuno, un jeune garçon de 7 ans. Lorsque Flit perd sa mère à la guerre, il est chargé du "Device AGE", une unité de mémoire qui a été transmise de génération en génération dans sa famille. Sur le périphérique il y a les plans d'un "Gundam", un ancien mobile suit connu comme un sauveur. Furitto décide de construire le Gundam.

Année UC0079. L'humanité s'en va peu à peu vers l'espace pour y habiter. La colonie Side 3 décide de lancer une guerre d'indépendance contre la Fédération de la Terre.