Dans les années 2000, le DDG-182 Mirai, un destroyer ultra-perfectionné de la marine japonaise d'auto-défense, se dirige vers l'Amérique du Sud afin d'y rejoindre une force internationale chargée de protéger des populations menacées par une guerre civile. En chemin, le bateau se retrouve pris dans une dépression climatique aux conséquences étranges ; à la suite de celle-ci, le Mirai et son équipage voyagent dans le temps pour se retrouver le 4 juin 1942, à la veille de la bataille de Midway. Une fois leur surprise passée, les hommes du Mirai se demandent comment réintégrer leur époque, et prennent rapidement conscience qu'il leur faudra être très vigilant afin de ne pas altérer le cours de l'Histoire. Toutefois, dans la continuité de la bataille de Midway, le second du navire Yosuke Kadomatsu porte secours à un officier Japonais, Takumi Kusaka, piégé dans un hydravion en train de sombrer