Alors que les lycéens s’inscrivent avec enthousiasme au club dans lequel ils vont pouvoir s’investir tout au long de l’année scolaire, Hôtarô, lui, est loin d’être motivé. Ce qu’il apprécie, c’est de faire un minimum d’efforts. Seulement, sur la demande de sa grande sœur qui a peur que le club de littérature dans lequel elle était inscrite quelques années auparavant ne soit dissout par manque de membres, Hôtarô accepte d’en faire partie, dans l’espoir d’en être l’unique participant. Quel n’est pas son désarroi lorsqu’il s’aperçoit qu’Eru Chitanda s’est également inscrite, d’autant plus que la lycéenne est de nature curieuse, et qu’elle n’a pas l’intention de laisser les mystères qui l’entourent sans réponse.

Oreki H?tar? est un jeune lycéen de Kamiyama High School qui s'autoproclame "économiseur d'énergie". Il ne gaspillera pas son énergie à faire des choses qui ne sont pas nécessaires, comme le sport par exemple. Bien qu'il n'ait aucun intérêt à entrer dans un club du lycée, sa grande soeur, Oreki Tomoka, l'oblige à rejoindre le club de la littérature classique qui est menacé de disparaître, car tous les anciens membres ont obtenu leur diplôme. Ensemble, avec ses vieux amis Fukube Satoshi et Ibara Mayaka, ainsi que la nouvelle présidente du club, Chitanda Eru, le club nouvellement réformé se retrouve impliqué dans toutes sortes de mystère à résoudre. Ils vont se rapprocher de la vérité au sujet d'un incident, impliquant une femme et un ancien membre du club, qui est arrivé il y a 33 ans !