Mahou Sensei Negima! Anime Final est une fin alternative du manga. Après être revenus du monde magique, ils sont de retour en classe... Malheureusement, c'est bientôt la fin d'année et la remise des diplômes est pour demain. De plus Negi va devoir prendre une partenaire pour devenir Magi magister... Les 29 autres élèves qui ne seront pas choisis auront la mémoire effacée au sujet de l'existence de la magie et du monde magique. Toutes veulent alors s'emparer du cœur de Negi ! Mais dès le soir venu, un danger apparaît...

Negi Springfield est un jeune apprenti magicien de 10 ans qui vient tout juste de décrocher son diplôme. Pour achever sa formation, une épreuve un peu curieuse lui est imposée : il doit quitter l'Écosse pour effectuer un stage de trois mois en tant que professeur d'anglais dans une classe de filles au Japon ! Découvrir un enseignant de quatre ans leur cadet étonne bien sûr les 31 élèves de la classe 2-A du collège Mahora, mais la plupart d'entre elles finissent par s'attacher à Negi, qu'elles chouchoutent dès qu'elles en ont l'occasion...