Plusieurs années après les évènements de Gall Force, une survivante du Star Leaf (le vaisseau du premier opus) est retrouvée par ses compatriotes Solnoids. Elle découvre que leur armée a détruit la planète mère des Paranoids. Ceux-ci se regroupent, près du 9e système non loin duquel se déroula la "bataille de Chaos". Mais une nouvelle forme de vie a vu le jour sur Chaos, et une nouvelle Gall Force s'organise pour la protéger du conflit en devenir.

Les Forces de l'Orient rencontrent l'Armée de l'Est et une guerre éclate dans le monde. Les Solonoids, une race de femmes guerrières, se battent de nouveau entre elles pour le pouvoir de leur faction. Cependant, les deux forces reçoivent un jour un signal provenant d'une nouvelle planète. Les femmes guerrières y sont alors envoyées en reconnaissance.