Plusieurs années après les évènements de Gall Force, une survivante du Star Leaf (le vaisseau du premier opus) est retrouvée par ses compatriotes Solnoids. Elle découvre que leur armée a détruit la planète mère des Paranoids. Ceux-ci se regroupent, près du 9e système non loin duquel se déroula la "bataille de Chaos". Mais une nouvelle forme de vie a vu le jour sur Chaos, et une nouvelle Gall Force s'organise pour la protéger du conflit en devenir.

La race des solnoids n'est plus depuis des millions d'années, quand, en 2085, un scientifique, suite à la découverte sur la lune d'une capsule contenant tout le savoir solnoid, réactive par accident les paranoids. Cette nouvelle menace prend la forme de l'intelligence artificielle GORN, qui déclenche un holocauste nucléaire sur la terre, avant de lâcher ses machines tueuses à l'assaut des survivants, alors même que l'existence de vieilles rancœurs et rivalité empêchent les factions humaines de coordonner une résistance efficace. L'ultime espoir est d'évacuer les survivant de la race humaine vers les colonies de Mars. Parmi ces survivants, plusieurs combattantes rassemblées par un destin et des vies antérieures communes, vont former une nouvelle Gall Force.