Schwarzesmarken est un spin-off de Muv-Luv Alternative. Il se passe en l'an 1983 en Europe. Ce spin-off suit le 666ème escadron de TSF nommé Schwarzesmarken de l'armée est-allemande. Cette unité est chargée de combattre les envahisseurs extraterrestres nommée BETA, cet objectif est important et ne doit subir aucun échec même si des alliés proches de la mort demandent de l'aide, rien ne doit les déranger jusqu'à l'accomplissement de la mission. L'unité 666 est principalement constitué de personnes pilotant des méchas de type Tactical Surface Fighters MiG-21, sauf le commandant Irisdena Bernhard qui elle pilote un MiG-21PF.

Takeru se réveille trois années après les événements de Unlimited dans sa chambre. Alors qu'il se remémore les moments passés dans le monde alternatif qui l'a vu évoluer ces dernières années, il a l'impression que tout cela n'était qu'un rêve, mais se rend rapidement compte que quelque chose cloche. Ses recherches l'amènent à apprendre qu'il a en effet été renvoyé dans le temps, quelques instants seulement avant les événements survenus dans Unlimited…