Makoto Naegi est convié dans une école très spéciale : l'Académie Kibougamine, où seuls les élèves avec un grand talent peuvent entrer. Le jour de la rentrée, il se retrouve en quelque sorte aspiré par un trou noir et se réveille plus tard dans une salle de classe. Il découvre par la suite qu'il n'est pas le seul dans ce cas et fera ainsi la connaissance des autres élèves de sa classe.

Ils se rendent vite compte qu'ils sont enfermés dans cette école qui est dirigé par un proviseur ayant la forme d'un ours en peluche et répondant au nom de Monokuma. Pour pouvoir sortir de l'école, il faut être diplômé. Pour cela, la seule solution est de commettre un meurtre sans que personne ne le découvre. Cependant, si les élèves trouvent qui est le tueur, il sera exécuté ! A l'inverse, si personne ne trouve, c'est le groupe d'innocents qui mourra ! Les adolescents devront donc mettre leurs vies