Deux années se sont écoulées depuis la grande guerre. Akito et Yurika ont disparu. Les Jovians et les terriens se battent désormais côte à côte. Ruri est maintenant capitaine de Nadesico B.

Pendant que la popularité de Boson se développe, un vaste réseau de transport a été développé. Le réseau de transport de Chulip détient les réponses aux mystères qui se cachent derrière Boson. Si les adversaires découvrent ses secrets, de gros ennuis attendent nos héros. Or, un groupe de séparatistes Martiens a lancé une offensive, laissant les forces unies stupéfiées et désespérées. L'ancien équipage du Nadesico est alors rappelé pour mener une mission spéciale afin de les arrêter et sauver le monde.