Japon, 1926. T?ky? où régne la machine à vapeur prospère. Le développement de la capitale n'est pas sans inquiéter le Conseil des Anciens qui craint pour la protection spirituelle de la Capitale impérial, surtout après plusieurs attaques des Kouma. Douglas-Stewart, une compagnie américaine propose de remplacer, par un nouvelle invention : le Japhkiel, armure sans pilote à vapeur, la Division des Fleurs qui doit accueillir un nouveau membre la mystérieuse Lachette Altair.

Le premier épisode sort le 18 décembre 1999, soit deux ans jour pour jour après la sortie de la première saison. Cette seconde saison se terminera le 21 décembre 2000. L'action se déroule en parallèle au jeu Sakura Taisen 2. Les quatre premiers épisodes mettent en scène deux des héroïnes et c'est l'une d'elles qui chante le générique de début. Les deux derniers épisodes seront l'occasion de faire un flash-back sur le passé de Yoneda et du père de Sakura... Chaque épisode est une "mini histoire".