À l'origine, les Autobots et les Decepticons, des robots intelligents transformables, se livraient bataille sur la planète Cybertron. Depuis des millions d'années, la planète Cybertron est victime d'une guerre civile robotique. D'un côté, les Autobots, menés par leur chef Optimus Prime et de l'autre, les Decepticons dirigés par Mégatron.

Après des millénaires de luttes, la balance semble tourner à l'avantage des Decepticons et les Autobots ont perdu peu à peu tout contrôle. Il ne reste plus qu'une seule solution, monter à bord d'une navette Autobot, l'Arche, et trouver du combustible ailleurs.

Les Decepticons ne s'imaginent pas qu'en les poursuivant, leur combat provoquerait leur perte à tous. Dans le feu du combat, l'Arche s'écrase sur la Terre dans une montagne d'Amérique du Nord. À bord de l'engin, aucun signe de vie.

4 millions d'années plus tard, l'ordinateur de bord, Télétraan 1, se remet en marche et commence à rassembler les robots, Autobots comme Decepticons. L'Arche envoie des sondes dans le monde entier pour repérer les engins utilisés par les humains, principalement les véhicules et recueille un maximum d'informations. Toutes ces bases de données serviront à l'ordinateur pour reconstruire les robots et les adapter. Optimus Prime et ses Autobots vont affronter de nouveau Mégatron et ses Decepticons sur notre planète. Tandis que les Decepticons ont juré de s'emparer des ressources d'énergie de la Terre, les Autobots s'allient aux humains Spike (La Flèche) et Sparkplug (Malabar) pour les en empêcher.