Hoshi o Ou kodomo narre le périple d'une jeune écolière, Asuna, accompagnée de son professeur, Ryuji. Cette première, après une rencontre avec un garçon bien étrange nommé Shun, va rapidement se mettre à fuir vers un monde souterrain: Agartha. Voici son histoire.

Un jour, alors qu’elle écoute l’émetteur radio que lui a légué son père, Asuna entend une mystérieuse chanson. Marquée par ce chant qui semble être l’incarnation même de l’âme de son interprète, Asuna ne parvient pas à l’oublier. En route pour son refuge dans les collines, elle est attaquée par une bête étrange et sauvée par Shun, un jeune homme sorti de nulle part. Il dit venir d’une contrée lointaine nommée Agartha et être venu à la surface voir quelque chose et parce qu’il voulait rencontrer quelqu’un. Les deux jeunes gens commencent à se confier l’un à l’autre, mais Shun disparaît soudainement...