Dans un futur proche, après avoir été défaite par les Gastreas, des parasites viraux, l'humanité est contrainte de vivre dans un territoire restreint et vit dans la peur et les désespoir. Rentarou et Enju, membres de la Sécurité Civile chargée de lutter contre les parasites, se voient confiés une mission secrète de la plus haute importance : ils doivent empêcher la destruction de Tokyo.

C'est en l'an 2021 qu'un virus décime l'humanité, ce virus n'est autre que l'invasion des gastrea. Le monde étant détruit, le peu d'humains restant doit vivre dans certaines zones protégées par des murs créés avec du varanium, métal repoussant les gaestra. A cause de ce virus, des enfants maudits sont nés, ils sont en faite contaminés par ce virus mais ils parviennent à le contrôler. Des organisations de défense sont donc créées pour protéger la ville, composées d'un initiator qui est un enfant maudit et d'un promoter qui lui donne des ordres. C'est ainsi que Rentaro Satomi, un jeune lyçéen et Aihara Enju forment une paire de miliciens effectuant des missions pour protéger la zone de Tokyo.