La rumeur dit qu'un membre du clan Kurta, dont Kurapika est originaire, a survécu au massacre perpétré par la Brigade Fantôme. Malheureusement pour Kurapika, celui qu'il prend pour son vieil ami n'est qu'un imposteur qui s'empare de ses yeux. Alertés par Leorio, Gon et Killua partent à la recherche de l'usurpateur. Ils font également la connaissance de Retz, une jeune marionnettiste de rue, qui propose de les aider dans leur recherche.

Gon Freecs, 12 ans, vit sur une île reculée. Son père ayant disparu, il vit avec sa tante et sa grand-mère. Mais le jour où il apprend que son père, Jin Freecs, est un Hunter et qui plus est l'un des meilleurs de son temps, il décide de se rendre au très réputé examen de Hunter pour décrocher le certificat de Hunter et ainsi pouvoir se mettre à la recherche de son père. Cependant l'examen qui a lieu chaque année est très difficile et dangereux, les participants peuvent y mourir à tout moment. On raconte même que sur dix mille candidats, un seul arrive jusqu'à l'examen, mais cela ne décourage pas le jeune héros qui est plus déterminé que jamais. Durant l'examen il va rencontrer plusieurs personnes, amies comme ennemies dont : Kurapika dont le seul but est de devenir un Hunter pour venger son clan assassiné ; Leolio qui lui veut simplement de l'argent mais au plus profond c'e