Cette saison comprend les volumes 64 à 80 de l'édition originale. 2011, Jolyne Kujo est accusée d'un meurtre qu'elle n'a pas commis. Elle accepte d'en endosser la responsabilité pour voir sa peine réduite. Elle est donc envoyée dans une célèbre prison pour femmes : Green Dolphin en Floride où, à cause d'un entaille faite par une pierre que lui fut transmise par son père Jotaro Kujo, elle commence à développer un étrange pouvoir. Arrivera à-t-elle à s'enfuir grâce à sa nouvelle capacité ? Qui sont ces hommes restés fidèles à Dio malgré les deux décennies écoulées depuis sa mort ?

Cette saison comprend les volumes 47 à 63 de l'édition originale. 2001, Rome en Italie. Hirosei Koïchi cherche le jeune Shiobana Haruno. Alors qu'il s'attendait à trouver un adolescent tout se qu'il y a de plus normal, il tombe sur Giorno Giovana, jeune homme qui tente de percer dans la mafia et d'en grimper les échelons afin d'enrailler le trafic de drogue et de protéger les faibles que la police ignore. Quel est le lien qui lie Giorno Giovana à la famille des Joestar ? Arrivera-t-il à atteindre son but ? Et qui est le mystérieux homme qui tire les ficelles de l’organisation que Giorno souhaite intégrer ?