Mondaiji-tachi ga Isekai kara Kuru Sou Desu yo? est inspiré d'un light novel de Taro Tatsunoko.

A différentes époques, dans différents mondes, des enfants dit "à problème" reçoivent un jour une mystérieuse lettre. Elle les invite à se rendre à Little Garden, un monde où il y a une utilité pour chaque GIFT.

Le GIFT, c'est justement ce qui fait de ses enfants des individus à problèmes : ils possèdent des pouvoirs étranges dont ils ne font pas toujours bon usage.

Curieux, Izayoi Sakamaki, You Kasukabe et Asuka Kudo répondent à l'invitation de la mystérieuse "Kuro Usagi". Commence alors leurs aventures à Little Garden.