La planète des Cthulhu a été détruite et les quelques survivants du cataclysme errent encore dans l'espace à bord de leur vaisseau amiral. À la recherche de nouvelles terres à conquérir, ils créent Iczer-1, puissant androïde femelle leur assurant une puissance à la fois offensive et défensive. Mais voilà que les rênes du pouvoir Cthulhu sont pris en main par Big Gold, évinçant le leader en place, le Seigneur Violet. Celui-ci décide de se débarrasser d'Iczer-1, qui n'a pas encore été activée, avant que Big Gold ne puisse mettre la main sur elle. Iczer-1 finit par arriver sur Terre où elle fait la rencontre de Nagisa Kanô, une jeune fille sensible et réfractaire à tout acte de violence. À son contact, Iczer-1 découvrira peu à peu les émotions humaines et elles tenteront ensemble de venir à bout de Big Gold, dont les troupes d'invasion viennent déjà de mettre le pied sur Terre à la recherche du précieux androïde...

Nagisa has a job as a delivery girl and makes her deliveries with a girl named Kawai. The two encounter a new race of alien villains but are saved by Iczer-3! While Iczer-1 recovers from fight against Big Gold's legacy, the Neos Gold, Sister Grey sends Iczer-3 to Earth, and turns out to be our last hope against the new threat.