Puella Magi Madoka?Magica the Movie Part II : Eien no Monogatari est le second des trois films qui raconte les 5 derniers épisodes (du 8 au 12) de l'anime Puella Magi Madoka Magica.Homura Akemi sauve de justesse Madoka Kaname, Kyôko Sakura et Sayaka Miki des mains d'une puissante sorcière. Les jeunes filles découvrent alors que Sayaka est désormais une sorcière, et qu'il est impossible de la sauver.Kyôko décide d'aller la combattre pour tenter de la faire revenir à la raison. De son côté, Homura prépare son plan qui consiste à combattre la nuit des Walpurgis, une très puissante sorcière et à protéger coûte que coûte Madoka de son destin.

Une nuit, Madoka rêve d'un monde dévasté dans lequel une jeune fille de son âge semble combattre un ennemi terrifiant. Tandis que celle-ci est sur le point de mourir, un animal étrange dit à Madoka qu'elle est la seule à pouvoir changer le cours du destin et éviter que cette situation ne se produise dans l'avenir. Le lendemain, Madoka a la surprise de découvrir qu'une nouvelle élève, se prénommant Akemi Homura, est transférée dans sa classe et que cette dernière n'est autre que la jeune fille apparue dans son rêve. À peine font-elles connaissance qu'Akemi la prévient froidement de ne surtout pas chercher à changer sa vie actuelle sous peine de perdre tout ce qui lui est cher en ce monde. Ne comprenant pas la raison et le sens de ses paroles, Madoka part se balader avec son amie Sayaka jusqu'à ce qu'elle entende une voix dans sa tête qui appelle à l'aide. Madoka va alors suivre le son de cette voix et découvrir un monde ténébreux où des jeunes filles aux pouvoirs magiques combattent des sorcières au péril de leur vie.