Le Digimonde a été libéré, et les Digisauveurs sont enfin rentrés chez eux. La vie continue, tout à fait tranquillement, sauf peut-être pour Sora et Tai, qui en sont à leur énième dispute d'amoureux depuis leur rentrée.
Bref, tout pourrait aller pour le mieux, mais... quel est cet étrange virus qui affecte tous les réseaux du monde entier, que ce soit téléphone, ordinateur, ou même réfrigérateur ? Un Digimon, sans aucun doute.
Cody et Tai, à l'aide de l'ordinateur portable de Cody et de leurs Digimon respectifs, et soutenus par Matt et TK, vont devoir littéralement plonger au coeur du problème, allant chercher ce mystérieux Digimon Virus pour l'arrêter.
Mais la tâche ne s'avère pas aussi facile qu'elle en a l'air, et les deux Digisauveurs devront faire face à de nombreux retournements de situation...