Sakura est une fillette de 10 ans qui vit tranquillement avec son père et son frère aîné dans la petite ville de Tomoeda. Un jour, en faisant le ménage, elle trouve un étrange livre dans la bibliothèque de son père. En l'ouvrant, elle provoque une brusque bourrasque et l'éveil d'un étrange "animal" nommé Kerbéros. Celui-ci lui annonce qu'il est le gardien des cartes magique de Clow, et que suite à l'intervention de Sakura, les cartes se sont envolées. Il charge alors la jeune fille de toutes les réunir avant qu'elle ne commettent de gros dégâts, mais Sakura n'est pas la seule en course.

Sakura Kinomoto est une petite fille de dix ans menant une vie tout à fait normale. Mais un jour, elle est attirée par un bruit dans la bibliothèque de son père, en cherchant l'origine du son, elle trouve un mystérieux livre "Le livre de Clow", qu'elle ouvre par accident. Elle laisse alors s'échapper accidentellement toutes les Cartes de clow qui s'y trouvaient. Par sa capacité à ouvrir le sceau du livre, Sakura découvre qu'elle possède des pouvoirs spéciaux et il est de sa responsabilité de récupérer les cartes dispersées. Elle devient donc la Chasseuse de Cartes...