Haruto est un lycéen japonais ordinaire menant une vie tout ce qu'il a de plus normale, jusqu'au jour où débarque des Shinchuu, des êtres surgies des entrailles de la Terre. Ces êtres capables de dissoudre les êtres humains d’un seul regard, n’ont qu’une seule mission: nettoyer la Terre de l’humanité polluante.

Ils ont détruit tout ce qu'il se trouvait sur leur chemin, dont les amis de Haruto. Alors que ce dernier était aux portes de la mort, il sauvé de justesse par un corps armé spécialisé dans le combat contre ces créatures: les Pillars Breakers.

Quelque chose d'inattendu se produit : Haruto qui a reçu un éclat de Shinchuu est guéri et à en plus obtenu de mystérieux pouvoirs qui l'aideront pour lutter contre ces envahisseurs.