Les Hundred sont les seules armes capables de repousser les Savages, des extra-terrestres qui ont envahi la Terre. L'histoire tourne autour de Harato Kisaragi qui intègre Little Garden, une école de formation au combat avec les Hundred. Son arrivée ne se fait pas sans mésaventures puisqu'il est provoqué en duel par Claire Harvey, la reine de l'école et aussi la plus puissante ! Pour couronner le tout, son camarade de chambre est une femme, Emil Crossford, et cette dernière lui rappelle d'étranges souvenirs...

Les Hundred sont les seules armes qui peuvent éliminer les "Savages", une mystérieuse forme de vie. Cette espèce inconnue est apparue sur notre planète bleue pour détruire l'humanité. L'histoire suit Hayat oKirasagi, une personne désirant devenir maître d'arts martiaux en utilisant un Hundred. Pour réaliser son souhait, il intègre une université spécialisée dans les Hundred, nommée Little Garden. Dès son arrivée, Hayato se fait rapidement remarquer car son Hundred possède une puissance colossale. Juste après la cérémonie d'entrée, il reçoit une demande en duel par l'une des plus puissantes de l’établissement nommée Claire Harvey. Pour ne pas arranger les choses, il apprend que son camarade chambre Emil Crossford est en vérité une femme !