Après avoir sauvé Last Order et pris une balle dans la tête, Accelerator, le plus puissant des êtres dotés de pouvoirs extrasensoriels de la Cité académique, se repose à l’hôpital. Mais sa guérison est interrompue lorsqu'une mystérieuse fille possédant une photo du clone de Misaka Mikoto lui demande de l’aide. Un groupe de fanatiques anti-espers qui se fait appeler « Disciplinary Action » est en train de semer la pagaille. Ils s'en prennent directement à Last Order et menacent la Cité académique, voire le monde entier...

L'histoire se déroule a Tokiwadai. Nous suivons Shirai Kuroko et Hokaze Junko, bras droit de Shokuhou Misaki, qui vont devoir s'allier pour résoudre un mystère qui a lieu directement a leur école : l'existence d'une étrange "fille fantôme".