Cette anthologie rend hommage au travaille de Masamune Shirow et sur son célèbre manga Ghost in the Shell. Compilation d'histoires courtes réalisées par différents auteurs, et mettant en scène le Major Motoko Kusanagi et ses coéquipiers de la section 9 à travers divers enquêtes et moments personnels.

En 2032, cyborgs et androïdes ont pris le pas sur l'humanité, reléguant cette dernière au rang d'exceptions, tant les hommes ne se passent plus de modifications cybernétiques. Le major Kusanagi a disparu, probablement quelque part dans les méandres de l'internet, et c'est donc accompagné d'un autre équipier, Togusa, que Batou va se lancer dans une enquête inhabituelle. Ainsi, plusieurs (sex)androïdes ont massacré leurs propriétaires, pour ensuite se suicider. Batou et Togusa seront lancés sur la piste d'un clan de yakusas, puis d'une mystérieuse entreprise nommée Locus Solus.

La section 9 est une unité spéciale de la police spécialisée dans la lutte contre le cyber-terrorisme. Le Japon de 2029 a vu se développer les cyber-cerveaux, les cyborgs, les robots à l'IA développés qui sont autant de cibles potentielles pour des hackers peu scrupuleux. Emmenée par le major Makoto Kusanagi, la section 9 doit faire face à un nouvel inconnu qui se fait appeler le "Puppet Master". Remake du film de 1995 supervisée par Mamoru Oshii lui-même, ce film a vu ses scènes 2D remasterisées et certaines nouvelles scènes 3D intégrées.

Dans un futur proche, la frontière entre l'homme et la machine s'atténue de plus en plus à chaque jour : alors que le quotidien de chacun se partage entre le réel et le virtuel de part et d'autre d'une limite toujours plus floue, la société évolue peu à peu vers une nouvelle forme de vie. Une nouvelle définition du genre humain... Pour échapper à une maladie mortelle étant enfant, Motoko Kusanagi, alias Major, a vu son âme, ou Ghost, transféré dans un corps artificiel impossible à distinguer d'un être humain normal. Elle commande la Section 9, une unité de sécurité publique officieuse, composée de cyborgs comme elle et chargée de lutter contre la facette sombre de ces nouvelles technologies.

Newport-City, 2029. Le Major Kusanagi, entourée de sa talentueuse mais petite équipe, est au service de la paix et de la sécurité publique, tandis que le lieutenant-colonel Kurutsu, qui est à la tête d'une influente organisation, aspire au profit et au libre-arbitre. Les deux femmes semblent amenées à s'affronter, mais un terroriste vient semer le désordre et la mort dans le paysage cybernétique et politique. L'équipe du Major et la Section 9 arriveront-elles à le mettre hors d'état de nuire ?