Alors que le monde ignore l'existence des monstres, une organisation britannique rattachée à la couronne s'efforce de maintenir l'ordre en pourchassant ceux qui s'en prennent aux humains. Son nom : Hellsing.

Tout juste adolescente, la jeune Integra Hellsing, héritière de la riche famille dirigeante de l'organisation, voit son père assassiné par ses associés tentant de prendre le contrôle de l'entreprise. Courant se réfugier dans les cachots sous la demeure de ses ancêtres, Integra découvre une cellule noire et glauque dans laquelle croupie un étrange squelette. Se remémorant les confidences de son père au sujet d'une antique créature maintenue par la force sous l'influence des Hellsing, la jeune fille passe un pacte de sang avec le cadavre inanimé, qui prend vie et massacre sans pitié les comploteurs avant de s'incliner devant sa nouvelle maîtresse.

C'est ainsi que, quelque