Cette saison comprend les volumes 47 à 63 de l'édition originale. 2001, Rome en Italie. Hirosei Koïchi cherche le jeune Shiobana Haruno. Alors qu'il s'attendait à trouver un adolescent tout se qu'il y a de plus normal, il tombe sur Giorno Giovana, jeune homme qui tente de percer dans la mafia et d'en grimper les échelons afin d'enrailler le trafic de drogue et de protéger les faibles que la police ignore. Quel est le lien qui lie Giorno Giovana à la famille des Joestar ? Arrivera-t-il à atteindre son but ? Et qui est le mystérieux homme qui tire les ficelles de l’organisation que Giorno souhaite intégrer ?

Cette saison comprend les volumes 81 à 104 de l'édition originale.Steel Ball Run : une course de chevaux qui a lieu en 1890 aux États-Unis. Les participants doivent chevaucher de San Diego Beach à New York, ce qui représente une course de 6000 kilomètres sans pouvoir changer de monture ! A la clef, une récompense de 50 millions de dollars ! Attirés par cette somme de nombreux individus viennent des 4 coins du mondes, avec chacun leurs propres motivations : jockey en quête de gloire, jeune indien voulant racheter sa terre natale sous le joug de l'envahisseur.Jayro Zeppeli, quant à lui, semble être là pour d’obscures raisons, armé de sphères d'acier, sa présence redonnera à Johnny Joestar la force de se lever de son fauteuil roulant et de faire un pas dans la vie d'adulte !

Jolyne, Gucci de Tobu est un one-shot qui a été dessiné afin de promouvoir la nouvelle collection de Gucci de l'époque. L'histoire se focalise sur le personnage de Jolyne, qui trouvera une étrange robe ayant appartenu à sa mère, et qui cache de nombreux mystères... Certains personnages de la 5ème partie Golden Wind, tels que Bruno Buccellati, Leone Abbacchio et Polpo font également une apparition.