Ce film est tiré du jeu Pokémon version Diamant et Perle. Sacha et ses amis Aurore et Pierre arrivent dans la ville de l'espace-temps Alamos. A peine arrivés, ils y rencontrent Alice, amatrice en botanique qui les amènes dans un jardin de la ville. Mais cette visite ne dure pas longtemps : Darkrai, le Pokémon cauchemar, apparait pour saccager le jardin.