Pendant la Guerre Froide, la force maritime d'autodéfense japonaise a élaboré un sous-marin nucléaire d'attaque avec les États-Unis : le Seabat. Il recueille le capitaine d'un sous-marin japonais qui a fait naufrage après une collision avec un vaisseau russe. Ce dernier pousse l'équipage a faire défection et déclare l'indépendance du bateau sous le nom de Yamato. Cela entraîne des combats avec l'US Navy qui cherche à le neutralisé et de graves frictions entre Washington et Tokyo.