Yuri Kuma Arashi raconte l'histoire d'une héroïne, Yuri Kuma Arashi, qui gravite autour de Kureha Tsubaki, une jeune lycéenne sans histoires et sans présence, souvent ignorée par ses camarades de classe. Chaque nuit, elle rêve d'ours et de tempêtes transparentes, sans savoir pourquoi. Dans ses rêves apparaît la mystérieuse Ginko Yurishiro, une fille de sa classe qui prend l'apparence d'un ours. Dans ce monde, les humains et des ours venus d'une autre planète sont en guerre les uns contre les autres. La guerre était sans fin alors un pacte de non-agression fut signé et un gigantesque mur construit pour séparer les 2 espèces. Mais un jour, l’alarme signalant la transgression du pacte retentit dans la ville.