An 20XX, le monde entier frémit sous la menace d'un groupe mystérieux qui a placé des bombes d'une puissance inimaginable dans les océans. Cachés sous des masques de « lapins », ces terroristes veulent prendre leur revanche en forçant le monde à vivre dans la crainte. Après l'échec de l'équipe de déminage des États-Unis entraînant la destruction de l'Amérique du Nord, c'est au tour de celle du Japon menacé par trois bombes de passer à l'action ! La jeune prodige, Machiko Machida, passe un pacte avec Nagito Aranagi avant de tenter de désamorcer la première bombe. Malheureusement, la situation ne se passe pas comme prévue, et le commandant de l'équipe de déminage décide de changer de stratégie…