Super Seisyun Brothers raconte l'histoire de quatre amis, deux duo de frères et soeurs, et de leur nouvel amour. D'un côté les Shinamoto qui s'aiment plus que tout au monde, et de l'autre les Aisato. Ces deux familles dont l'aînée est la soeur et le frère le cadet, se ressemblent beaucoup et donc, s'apprécient énormément de par leurs points communs. Leur devise est : "ceux d'un même troupeau doivent se serrer les coudes".
Cette histoire "tranche de vie" est parsemée de beaucoup de mésaventures mais aussi d'humour otaku.