Après les évènements de Matsuribayashi-hen, Rika vit des jours heureux en compagnie de ses amis. Seulement, lors d'une course en vélo, Rika est percutée par un camion. À son réveil, elle se rend compte qu'elle a été transportée dans un nouveau monde, qui se trouve être bien différent de tous ceux qu'elle a connu...

Loin de la métropole, au milieu d’une nature abondante, se trouve un village reclus du nom de Hinamizawa. On raconte que ce dernier aurait dû disparaître par le passé, submergé au fond d’un barrage. Cependant, le village a subsisté, et se voit même accueillir un nouvel élève en cours d’année scolaire, nommé Maebara Keiichi. Keiichi étant habitué à la vie urbaine, il apprécie son nouveau quotidien paisible entouré de ses amis, espérant que ce moment durera éternellement… du moins, jusqu’au jour du festival annuel du village, Watanagashi. Au mois de juin de l’an 1983, pendant la saison du chant des cigales, la vie des habitants est soudainement bouleversée par une interminable succession d’événements tragiques…