Désireux de s'attirer les bonnes grâces de Fujiko, Lupin, épaulé de Jîgen, inspecte les fonds marins afin de retrouver une pierre précieuse. Ils doivent fuir précipitamment à l'arrivée de Zenigata, et Fujiko, se retrouve aux mains de la police. Pendant la course-poursuite, nos deux fuyards constatent que des personnes disparaissent physiquement, sans explication possible. C'est alors qu'un homme apparaît au milieu des airs. Il déclare s'appeler Mamô, et être capable de voyager à sa guise dans le passé comme dans le futur. Il propulse Lupin, Jîgen et Zenigata cinq siècles en arrière, où une guerre territoriale fait rage entre deux clans féodaux. Tout cela est lié à l'existence d'une certaine relique, et nos héros vont devoir lutter dans une course contre le temps, qui est maîtrisé par leur ennemi.