Le destin de Takato Matsuda, Ruki Matsuno, et Lee Jenrya est bouleversé lorsqu'ils font la rencontre de "Digimon" réel, issu du jeu de carte auquel ils jouent. Chacun des enfants, appelés aussi, "Digimon Tamers", ont des opinions très différents sur la façon dont les 'digimons" doivent être traités. Alors que d'autres digimons commencent à apparaître dans tout le Japon, ils mettent leur différence de côté pour reconduire les digimon dans leur monde. Yamaki, qui est à la tête d'une organisation secrète appelé Hypnos essaie d'éliminer tous les digimons.