Yui Kusanagi est une lycéenne reconnue et sérieuse, notamment dans sa pratique assidue du kendo. Un jour, au sein du temple familial, une épée sacrée la projette dans un monde fantastique, dans lequel elle rencontre différents dieux de plusieurs mythologies, qui eux-mêmes ont été projetés dans cet endroit inconnu.
C'est en fait Zeus qui a créé cette école un peu particulière, où les dieux concernés devront renforcer les liens de foi faiblissants avec l'humanité. Et il compte sur Yui pour les guider dans ce projet...