Un collégien japonais nommé Kou Fujimura est un jour victime d'un accident qui lui fera perdre l'usage de ses deux yeux. Il subit une opération qui se déroulera avec succès, mais il obtiendra à son réveil une perception extrasensorielle. Ciblé par des mutants qu'il peut désormais voir. Il rencontrera Yui Kisaragi qui le fera entrer dans l'organisation pour laquelle elle combat le mal avec d'autres filles mais tout cela fait partie d'un vaste complot.