En l'an 2220 après J.-C., la Fédération de la Terre lance un plan d'évacuation de la Terre en découvrant qu'un trou noir ambulant capable de détruire tout ce qui se trouve sur son chemin est en route vers le système solaire. Alors que les habitants de la Terre se préparent à s'installer sur la planète Amare, dont le dirigeant offre refuge, les tyrans connus sous le nom d '«Empire S.U.S.» attaquent la première flotte d'évacuation de la Terre. Après avoir appris que son épouse, le capitaine Yuki Mori-Kodai, a disparu dans la bataille et que le légendaire vaisseau spatial Yamato a été entièrement reconstruit, Susumu Kodai accepte le commandement du navire car il compte non seulement aider l'humanité une fois de plus, mais aussi retrouver Yuki et espère améliorer la relation avec sa fille Miyuki, qui le blâme de la disparition de sa mère. Mais pour remplir la mission, le Yamato doit mener des batailles contre l'Empire S.U.S, qui a l'intention de gâcher les espoirs de l'humanité de trouver un nouvel endroit pour vivre et transformer la Terre en énergie pour leurs propres besoins égoïstes.