Elvy et Haruka se trouvent devant une école primaire vide, la nuit. C'est là que cette dernière a connu Ayato, et qu'elle en est tombée amoureuse. Mais elle n'est plus que la femme qui a 12 ans de plus que lui... Le cri d'effroi d'Ayato résonne dans la nuit, il tombe à la renverse à travers la porte de verre de la salle d'eau, en panique. RahXephon réagit. Maya Kamina s'approche alors de son fils et le drogue, tout en le rassurant, lui disant qu'elle l'a élevé et l'aime comme son fils. Dans le ciel de Tôkyô, le titan ailé vole à la recherche de son intrumentiste, et bien qu'il soit attaqué par les Metronome en patrouille, les Tôkyôïtes n'y prêtent aucune attention.