Les ninjas ont disparu depuis longtemps de la société japonaise. Ils ne travaillent désormais plus que dans l'ombre. Mikage Kirio est la fille du PDG de la Société du Village de l'Ombre, une société de ninjas qui travaillent secrètement en tant que gardes du corps pour les personnes importantes. Depuis toute petite, Mikage est donc entraînée à devenir ninja. A l'age de 10 ans, elle est embauchée par l'anglais James G Rod. Celui-ci avait autrefois une épouse et une fille, mais elles ont été tuées par ses ennemis, qui se trouvent aussi être ceux de la Société du Village de l'Ombre.

Un jour, Rod propose à Mikage de l'adopter, pour qu'ils puissent ensuite aller s'installer au Japon où ils pourraient vivre tranquillement, loin du monde ninja. Mais peu de temps après cela, il meurt dans un bombardement. C'est alors que Mikage apprend que, juste avant de mourir, Rod avait payé à la Sociét