Akari Mamiya, est une élève de première année de classe E au lycée Tokyo Butei. Idolatrant la Butei de renommée mondiale Aria H. Kanzaki, Akari prévoit de suivre ses traces et même de devenir son Amica. Cependant, ses notes ne suivant pas ses espérances, celle-ci doit se résigner à abandonner ses rêves. Mais c'était sans compter sur l'apparition de Aria qui décide de lui venir en aide en lui apportant ses conseils avisés.

Tohyama Kinji, élève en seconde année dans la section d'investigation de la Tokyo Butei High School (établissement spécialisé dans la formation de détectives armés), ne mène pas une vie d'adolescent ordinaire. Son quotidien se résume à traquer des tueurs en série. Un jour, il loupe son bus de 7h58 le menant au lycée. Il décide alors de prendre son vélo. Après avoir pédalé quelques mètres, Kinji se rend compte qu'il est tombé dans un piège: une bombe a été posée sur son vélo par un tueur de Butei. Kinji est alors miraculeusement secouru par Kanzaki H. Aria, une jeune fille super-active, adepte des combinaisons flingues/katanas et as de la section d'assaut. Depuis leur rencontre, ils ne se quitteront plus. Kinji, suivi de près par Aria qui se retrouve dans la même classe et qui n'hésite pas à squatter chez lui pour l'obliger à devenir son partenaire, va être amener à replonger dans l'univers des Butei, la quête d'Aria et les tourments de son propre passé...