Dans un monde où le paranormal est normal, où l'humanité est souvent menacée par l'attaque de divers monstres, chaque humain est doté d'un pouvoir particulier nommé "Alters". Grâce à celui-ci, devenir un héros n'est pas impossible pour eux.
Le manga suit les aventures d'Izuku Midoriya, l'un des rares humains ne possédant pas d'alter, qui rêve pourtant de rejoindre la filière super-héroïque du grand lycée Y?ei et de devenir un jour un grand héros.