C'est un monde où les hommes et les monstres existent. Ceux qui les chassent sont appelés les Hunters, mais dans une petite partie de ce monde, il y a les Riders, qui se lient aux monstres et vivent avec eux. Avec leur "Kizuna Ishi" (Pierres de Lien) qui leur permettent de réveiller les pouvoirs cachés de leurs monstres, les Riders vivent en secret avec leurs Otomon, les monstres auxquels ils se sont liés.

Ryuto, un jeune garçon du village d'Hakum, rêve de devenir le meilleur Rider...