Shin Kujaku-o est la suite de l'anime Kujakuou. Il retrace les derniers arcs du manga.Kujaku, un jeune moine bouddhiste, ignore tout de sa naissance. Il ne sait pas, par exemple, qu'il a une soeur et qu'ils sont tous les deux nés sous le signe d'une obscure prophécie qui leur a conféré des pouvoirs mystiques importants.

Un jour, Kujaku et Asura, une de ses amies, sont attaqués par des démons et sauvés in extremis par Onimaru, "guerrier de la malédiction interdite".Kujaku est prié de rejoindre les moines de Shingon qui devront lui apprendre à canaliser ces pouvoirs et les utiliser pour annihiler le Démon suprême.

Un grand destin l'attend.

Mais, un néo-nazi, Siegfried von Mittgard cherche à s'approprier les pouvoirs du Dragon Sacré, une relique gardé par les moines détenant les pouvoirs dévastateurs de l'Empereur des Ténèbres.