Il existe autant de monstres que d'applications mobiles, des « Appli Monsters », dit officiellement Appmons. Ces Appmons sont des monstres d'application consciente, autonome avec l'intelligence artificielle. Dans le monde réel, ils se révèlent en s'incarnant en carte Appmon et peuvent se matérialiser grâce à l'Appli Drive.

Haru Shinkai, un jeune collégien sans confiance en lui, rêve de devenir un protagoniste, comme son ami Yûjin. Mais quand Gatchmon, l'Appmon de l'application de recherche, lui propose de devenir un véritable héros en l'accompagnant dans ses aventures, Haru se défile, ne s'estimant pas à la hauteur. Haru prend confiance et décide finalement de le rejoindre1. En obtenant l'Appli Drive, Haru et ses futurs coéquipiers Appli Drivers, Eri Karan et Torajirô Asuka (dit Astra), devront faire face à l'intelligence artificielle ultime Léviathan, tapie dans les tréfonds de l'Internet nommés le Dark Web, et qui fait tout pour mettre à bien son ambition terrifiante. En 2045, l'intelligence artificielle surpassera l'intelligence humaine.